安徽共有中小河流500多条，其中流域面积200～3000平方公里的中小河流275条。长期以来，由于缺乏投入机制和投资渠道，治理资金严重不足，中小河流堤防维修和河道清淤日趋减少，洪涝灾害频繁发生，已成为防汛抗洪的主要薄弱环节，严重制约了经济社会的可持续发展。
2009年，水利部、财政部印发《全国重点地区中小河流近期治理建设规划》，安徽共有84条中小河流列入该治理规划，其中2009～2011年试点项目44条，总投资约11亿元，涉及14个市、30个县（区）。工程建设主要是对列入规划的中小河流进行堤防加固、河道清淤、护坡及护岸工程等，治理工程全面完成后，可将重点河段的防洪标准提高到20年一遇左右，排涝标准提高到5年一遇。2009年，安排治理试点项目7个，工程总投资1.79亿元。今年，计划实施14个试点项目，工程总投资3.17亿元。
对于列入规划的中小河流治理，安徽列出了治理时间表，省委、省政府明确要求，2011年底前不折不扣完成列入全部试点项目，用3到5年时间，对全省中小河流进行系统治理。同时，落实配套资金，按照总投资的10%下达中小河流治理项目省级配套资金，目前列入2009年、2010年实施的21个项目已下达省级配套资金5137万元，后续项目的省级配套资金也将陆续安排。根据治理时间表，省水利厅强化治理责任，加大前期工作力度，加快在建项目建设，加强管理、监督和考核，确保中小河流治理快速高效推进。
目前， 安徽中小河流治理2009年7个试点项目已全部开工建设，截止到7月底，已累计完成投资3940万元，完成土方61.7万立方米，石方3.4万立方米，混凝土0.73 立方米，计划年底前全面完成。今年安排的14个中小河流治理试点项目投资计划已下达，初步设计文件已审查批复，各项目法人单位正在开展招标投标和施工准备工作，汛后全面开工建设，明年汛前完成。列入规划的其它23个中小河流理项目，初步设计文件也已基本编制完成。