安徽省水利厅通过“万名干部进镇村”调研发现，全省基层水利服务机构普遍存在管理体制不顺、管理经费不足、服务功能不强、职工队伍不稳等问题。据统计，全省1283个农业乡镇中，共设各类乡镇（区域）水利服务机构879个，仅占乡镇总数的68.5%。全省现有乡镇水利员较2000年减少了55%。同时由于经费短缺、工作条件差、待遇低，人才流失严重。由于管理主体缺失，导致大量的农田水利工程无人管理、设施损毁、工程老化、效益衰减，制约了水利工程功能的发挥，影响了农业农村持续稳定发展和农民群众的根本利益。针对存在的问题，意见就建立健全基层水利服务体系提出了具体要求。
《意见》明确，基层水利服务机构的基本职能是：履行农村水利公益性管理服务功能，开展农村水利调查、察勘和小型农田水利工程建设技术服务，负责小型农田水利工程运行管理，组织指导辖区范围内的防汛、抗旱、灌溉、排涝工作，指导村级水管员或水管组织开展工作，协调农村涉水事务等。
《意见》要求，各县级人民政府要根据水系、水利设施分布和政府财力情况，因地制宜加强基层水利服务体系建设。基层水利服务机构可以以乡镇为单元单独设置，也可以以流域或区域为单元设置，可以是全额拨款事业单位也可以是差额拨款事业单位。一般应为县级水行政主管部门的派出机构，原则上实行由当地县（市、区）水行政主管部门和乡镇人民政府双重领导的“条块结合，以条为主”的管理体制，人员经费和业务经费由县级水行政主管部门统一管理。 基层水利服务机构要落实定编、定岗、定职、定责，以乡镇单独设置的工作人员一般不少于3人，其中水利专业技术人员不少于2人；以流域或区域设为单元设置的工作人员不少于5人，其中水利专业技术人员不少于3人。各县（市、区）要多渠道筹措资金，加大基层水利服务机构建设的投入力度，将其列入本级财政预算，在编制有关水利建设项目时要适当考虑基层水利服务机构建设及其经费。各级水利部门可从水费和相关的水规费中列出一定的经费专项用于基层水利服务机构建设。
还配套印发《安徽省基层水利服务机构考核验收与奖补办法》，省水利厅对符合条件的基层水利服务机构给予一定的奖补。