省政府办公厅、省防指就防汛排涝工作分别发出通知，对各地提出具体要求。省防指及时派出工作组赴受涝较重的全椒县等地检查指导工作，省水利厅、省防办会同气象、国土、民政等部门每日进行会商，适时发布预警，强化工程调度。调度河道、水库闸站，合理控制水位，为有关地区排涝创造有利条件；成立排水工作组，分区、分片动态分析雨水情、受涝及排水情况；加强对受涝地区排水的技术指导，督促各地及时开闸自排，没有自排条件的开启泵站机排，要求务必第一时间排完积水，努力减轻丰收在望的农作物灾害损失。
各地按照省防指统一部署，迅速组织开展排涝工作，固定排涝站开足马力运行，固定站装机不足的地区架设流动机械抢排，全省日最多开动排涝机械达21万千瓦。淮南市利用泥河、禹王等骨干排涝站抢排，全市累计开机1300多台时，于9月4日基本排完涝水。蚌埠市在强降雨发生前及时调度天河、芡河、龙子湖及北淝河下游开闸预泄底水，预留调蓄库容，有效减少了受涝面积。安庆市沿江涵闸在保证水闸安全同时，具备自排条件的开闸自排，加快沿江湖泊排水进度。全椒县排涝电费由县财政统一支付，受涝区在第一时间开启泵站抢排。五河县启动防汛排涝预案，迅速开动29座国有排涝泵站抽排。
截至9月6日，全省排涝工作已基本完成，累计排出受涝面积269.7万亩，占受涝面积99％，排除涝水4.7亿立方米，其中机排涝水2.8亿立方米。由于排水及时、措施得力，排涝效益显著。